Senhores!
Primeiramente gostaria de agradecer pelos ensinamentos, pois foram informações valiosas. Evitamos um caos aqui na empresa, uma vez que sem o bendito certificado jamais conseguiríamos liberar a saída das mercadorias.
Com o e-CNPJ da matriz, que é isenta de IE, conseguimos transmitir as notas fiscais emitidas pela filial, que por sua vez possui IE.
Baseando-se nas informações dos senhores, buscamos na legislação a possibilidade de uso do certificado, onde foi observado que o item "3.2.3 - Padrão de Certificado Digital" do "Manual de Integração - Contribuinte" autoriza o uso do e-CNPJ da matriz para emissão e envio de informações da filial.
Além do manual, observamos que o ajuste SINIEF dispõe sobre tema na Cláusula terceira, inciso IV.
Perguntado sobre o assunto, a A secretaria de Fazenda - AF II informou-nos que poderíamos fazer o uso sem nenhum problema.
Mais uma vez, muito obrigado!