Cesar, bom dia
Verifique a Certidão de Uso de Solo, junto a Prefeitura local, para saber se a atividade pretendida está permitida no imóvel em que a empresa será sediada. Procure também verificar se o imóvel possuí: Planta aprovada para uso específico, Habite-se e AVCB.
Feito isso, deve-se elaborar o Contrato Social e por meio do site da Junta Comercial elaborar o cadastro web (espécie de protocolo com os dados do ato que será feito - os detalhes da Junta do RJ não sei lhe informar).
Aqui em SP, no momento de elaboração do DBE, informamos que o ato ainda não foi analisado/registrado, sendo assim, o mesmo ficará a cargo da Junta analisar.
Sendo assim enviaríamos para JUCESP: 03 Vias do Contrato Social, cadastro web e DBE (atente-se aos documentos que a Junta deve exigir, ex: documentos dos sócios).
A JUCESP analisa os documentos, registra o contrato social, libera o CNPJ e Inscrição Estadual (se for o caso).
Feito isso basta dar entrada na Prefeitura local para regularizar a Inscrição Municipal.
Lembrando que é preciso verificar se a empresa terá algum registro em Conselho Regional.