Lucas,
A Junta Comercial do Distrito Federal implementou essa ferramenta (com muitos problemas ainda) na qual é possível, sim, fazer uma espécie pré-baixa, ou seja, uma baixa semi-presencial. Você faz todo o procedimento pela internet e depois imprime o Distrato, os titulares da empresa assinam e reconhecem firma e após isso, é só dar entrada para consolidar a baixa que se iniciou online. Todavia, essa ferramenta ainda está em fase de adaptação com muitos problemas.
Segue o site:
https://rle.empresasimples.gov.br/rle/
Na parte superior direita deve-se fazer o cadastro de um dos sócios, pois assim que o cadastro estiver feito, irá abrir uma tela de todas as empresas nas quais o titular do cadastro (sócio) faz parte. Daí em diante é só solicitar a baixa. Contudo, até onde eu saiba isso vale apenas para empresas do Distrito Federal.