EIRELI - Atividade médica

Estou verificando a possibilidade de abrir uma EIRELI para prestar serviços médicos, onde meu cliente presta o serviço para uma prefeitura e recebe pelo CNPJ.

Algumas dúvidas surgiram no meio da pesquisa, visto que tive informações e entendimentos diferenciados, seguem:
1) a tributação se dará como pessoa jurídica (simples nacional/presumido/real), ou será com base no art. 150, § 2°?
2) é possível registrar uma EIRELI junto ao cartório/CRM, ou nesse caso é obrigatório o registro na Junta Comercial do Estado?

Vi em alguns artigos que a RFB pode fiscalizar e autuar uma EIRELI a ser nos moldes da que será constituída, quando esta tributar como Pessoa Jurídica, devendo o profissional recorrer administrativamente e/ou judicialmente, visto que para o "Leão" este modelo não deve ser considerado como PJ, e sim PF.