Boa noite Carla,
Um Empresário Individual pode ter uma EIRELI sim. O que não pode ter é dois EI ou duas EIRELI. No proprio ato constitutivo da EIRELI tem uma declaração que diz que o titular declara que não possui nenhuma outra empresa DESSA MODALIDADE, ou seja, ele se refere a EIRELI e não EI. O embasamento legal da EIRELI é:
Lei 10.406 (Código Civil de 2002),
" Art. 980 (...)
(...)
§ 2º A pessoa natural que constituir empresa individual de responsabilidade limitada somente poderá figurar em uma única empresa dessa modalidade "
Seu problema é interpretativo por parte da Junta Comercial. No Código Civil ainda diz também :
" (...)
§ 6º Aplicam-se à empresa individual de responsabilidade limitada, no que couber, as regras previstas para as sociedades limitadas. "
Ou seja, mesmo sendo uma Empresa Individual, mas ela responde como uma SOCIEDADE LIMITADA.
Como disse, o erro está na interpretação por parte da Junta Comercial. Se mesmo assim eles não aceitarem, peça a um advogado para entrar na Justiça que com certeza você ganhará a causa pra ter uma EIRELI.