Problemas em relação a cnae de uma empresa de logistica

Bom dia.
Estou com um problema em relação a uma empresa de logística.
Tivemos que fazer uma alteração no CNAE. Ela possuía o cnae 5120-0, relativo a transporte aéreo de cargas.
Entretanto, graças a alteração, a junta comercial indeferiu o processo, alegando que para tal cnae, precisaríamos da autorização da ANAC, mas a empresa não possui avião. Decidimos tirar este cnae, mas agora a empresa não consegue emitir nota de conhecimento de transporte aéreo.

Seguem os cnaes cadastrados:
principal: 5250803

secundários: 4930202
5232000
5012201
5250801
4930201
7911200
5250804
5250802

O que pode estar acarretando neste problema da empresa não conseguir emitir o conhecimento de transporte aéreo?
Aguardo retorno
Obrigada