Daiana,
Pelo que estou entendendo a Receita Federal deve ter reenquadrado automaticamente sua empresa devido ao faturamento (de ME para EPP) e na Junta Comercial consta o o porte ME.
Neste caso será o seguinte: você dverá verificar qual porte sua empresa está enquadrada, observando o faturamento dela.
Considera-se ME, a sociedade empresária, a sociedade simples, a empresa individual de responsabilidade limitada e o empresário que aufiram, em cada ano-calendário, receita bruta igual ou inferior a R$ 360.000,00 (trezentos e sessenta mil reais).
Considera-se EPP, a sociedade empresária, a sociedade simples, a empresa individual de responsabilidade limitada e o empresário que aufiram, em cada ano-calendário, receita bruta superior a R$ 360.000,00 (trezentos e sessenta mil reais) e igual ou inferior a R$ 3.600.000,00 (três milhões e seiscentos mil reais).
Ver onde sua empresa se enquadrada;
Se a Receita Federal estiver correta você deverá solicitar na Junta Comercial a alteração de Porte, ou no seu caso solicitar o enquadramento como EPP