Boa tarde Diogo.
Sim, você precisa pagar por todo o período, por ser uma taxa fixa obrigatória para o MEI, além de entregar os DASN-SIMEI de todos os anos.
Você precisa solicitar o desenquadramento pelo portal do SIMEI no Simples Nacional, e acredito que só vai ser válido a partir de janeiro do ano que vem, pois há poucas situações em que é permitido desenquadrar no mês seguinte.
No ano que vem, quando o desenquadramento passar a valer, você precisa os formulários das duas primeiras páginas, preenchendo como "Desenquadramento de SIMEI" (precisa verificar se na sua Junta Comercial é outro formulário). Você junta esses documentos com três vias da tela de desenquadramento do Simples Nacional, e três vias de um requerimento solicitando o desenquadramento, com os dizeres:
"Senhor Presidente,
Na qualidade de titular da empresa xxxxxxxxxxxxx, registrada sob o NIRE xxxxxxxxxxx, CNPJ xxxxxxxxxxxxxxxxx, solicito o desenquadramento da situação MEI perante a Junta Comercial do Estado de xxxxxxxxxxxx.
Informo que o referido desenquadramento foi realizado em 31/12/2015, no Portal do Empreendedor, conforme comprovante em anexo."
e apresentar para a Junta Comercial. Por último você verifica o procedimento perante a prefeitura municipal.