Delmara,
eu sou de MG mas o procedimento ai deve ser parecido com o geral. Você fala "registrar" é constituir? Se for:
-Acessar o site da junta de seu estado com login e senha.
-Fazer viabilidade para localizar se existe outra empresa com mesmo nome empresarial (Razão)
- Depois dela aprovada, que também é aprovada pela Prefeitura do município, você fará o DBE - Documento Básico de Entrada na RFB.
- Feito isso, você retorna ao site da Junta do seu estado, e integra. (aqui em Minas é INTEGRAR FCN/REMP, que serve para todas)
- Após isso, você levará os documentos para assinar pelo sócio administrador, os sócios reconhecer firma no contrato, anexar os documentos dos sócios, comprovantes de endereço, contrato de aluguel e/ou cópia iptu para comprovar metragem, e protocolar na Junta.
Em Minas, tudo é uma única via e o contrato é liberado após a aprovação dentro do site da junta pelo número de protocolo. Do seu estado deve ter uma sistemática que você pode entrar em contato direto com eles.
O site da SEFAZ BA http://www.sefaz.ba.gov.br/
Você vai encontrar do estado, não do município (Administração Fazendária). 0800 071 0071
Oculto, 2458 e 8868
Da Junta: http://www.juceb.ba.gov.br/
Agora, Alvará de funcionamento se tiver precisando, é anexar todos os documentos de constituição ou alteração da empresa, contrato de aluguel, cópia dos documentos na prefeitura do município de Entre Rios. Somente o órgão municipal que emite o mesmo.
Espero ter ajudado um pouco.
Philip