Boa tarde Carolina!
Embora dê vontade de "botar fogo" nos documentos, procedemos assim:
1) mandar telegrama, carta registrada para o endereço do proprietário ou representante legal;
2) publicar por três vezes em jornal de grande circulação e na área de endereço do proprietário ou representante legal, isto é, se você está em São Paulo e os donos da empresa no Rio de Janeiro então publique em um jornal de lá e por via das dúvidas onde você está também informando sobre o abandono dos documentos e estipulando prazo para reavê-los caso contrário serão destruídos.
3) depois disso tudo se não haver notícia de ninguém, procedemos indo até o posto fiscal da jurisdição do cliente, com CNPJ, CADESP, as publicações no jornal, telegrama, além de uma carta assinada e carimbada pelo contador solicitando a desvinculação e informando até que data procedeu com a entrega das obrigações acessórias e o motivo. (ex: não pagamento de honorários/abandono dos documentos por parte da empresa)
Destruir a documentação pode render um processo por danos materiais. Nós costumamos aguardar por até 6 meses, entupindo nosso arquivo morto com estes documentos, depois, é lixo na certa.
Boa Sorte!