Olá Maria!
Deixa ver se entendi: Fez a transformação da empresa, e após o processo percebeu que a mesma ficou sem a expressão "ME" no final ?
Se é isto segue resposta (ou melhor, outra pergunta, rs): Quando arquivou o Requerimento de Empresário + o contrato social por transformação, arquivou também a declaração de ME pertinente a nova natureza jurídica da empresa (sociedade)??
Considerando que Junta Comercial vincula a informação do enquadramento ao NIRE da empresa, e quando se faz a transformação a mesma passa a adquirir um novo NIRE, necessário se faz arquivar uma nova declaração de enquadramento, podendo até fazê-lo no mesmo processo de transformação, (Como o novo NIRE só será informado após o deferimento e registro do ato transformador, poderá apresentar a declaração informando apenas nome da sociedade, endereço, data do ato constitutivo, CNPJ e o requerimento da sociedade, dirigido ao Presidente da Junta Comercial, requerendo o arquivamento da declaração).
É interessante ver a Instrução Normativa do DREI Nº 103, 30 DE ABRIL DE 2007.
Veja o modelo para declaração http://www.drei.smpe.gov.br/dnrc/form
(Sempre que faço transformação de empresa e a mesma é enquadrada como ME ou EPP, arquivo junto ao mesmo processo de transformação, a declaração referente).
Espero ter ajudado.
Se permanecer alguma dúvida, esteja a vontade para perguntar.