Thiago Martins Meira bom dia!!
Com um certificado do escritório você consegue dar baixa na empresa.
Infelizmente no estado de São Paulo a baixa ainda não é feita digitalmente, apenas abertura. O processo precisa ser protocolado presencialmente.
Referente a documentação vai depender do tipo da empresa, se é uma sociedade limitada, empresário individual, etc.
Caso seja uma sociedade vai precisar de 3 vias do Distrato Social, uma via do DBE que é gerado através do coleta web (Receita Federal) e vai também gerar os documentos da JUCESP através do Via Rápida Empresa (VRE) no caso vai ser apenas a Capa do Requerimento, que precisa apenas de 1 via.
Na seleção de atos do VRE, é só selecionar "Distrato Social" e ir preenchendo os dados da empresa até chegar na parte pra imprimir a documentação e também recolher as taxas da JUCESP.
Caso seja empresário individual ao invés das 3 vias do Distrato Social, na seleção de atos você vai selecionar a opção "Cancelamento de Inscrição de Empresário", preencher e quando gerar os documentos vai precisar de 3 vias do Requerimento de Empresário, 1 via da Capa do Requerimento e 1 via do DBE da baixa. Depois de recolher as taxas e os documentos estarem devidamente assinados é só protocolar presencialmente na JUCESP.
Thiago, se ficou muito confuso, me mande um e-mail: @Oculto que vejo uma maneira mais fácil de te explicar e te ajudar no site, pois realmente ele é bem confuso.
Abraço.