Boa tarde Arlete.
Pelo o que eu vi é uma alteração, então a colocação "ME" é feita pelo sistema quando você preenche o nome da empresa e, abaixo, marca "Microempresa". Me recordo que tem essa opção no final do preenchimento, quando vai puxar as folhas para impressão. Desculpe, não me lembro se aparece essa opção antes no processo.
Quanto a composição, é provável que precise acrescentar a atividade da empresa depois do nome do titular, como "XXX do YYY Comércio", ou pode ser a cobrança também da falta do ME. Não aconteceu uma exigência semelhante para mim.
Espero que tenha te ajudado.