Erica,
Então estamos falando de uma Filial de associação ou fundação estrangeira.
Neste caso, tem que haver uma Ata e Estatuto registrado no Pais de Origem da Sede deliberando a Alteração no Endereço da Filial no Brasil.
Os atos precisam chegar aqui já em uma versão traduzida e chancelada pela embaixada Brasileira no País de origem para registro, seja em Junta Comercial ou em Cartório de Registro.
Quanto a Autorização do Ministério da Justiça, você pode contatar o próprio órgão para maiores esclarecimentos quanto a se liberam a Autorização antes ou depois do registro.
Essas informações que te passei é baseada em um processo de registro de empresa com fins lucrativos, creio que o caminho para sua natureza jurídica não deva fugir muito desse padrão.
Vamos aguardar para ver se algum colega tem maiores informações para lhe ajudar.
Att,