Bom dia Eliete.
Primeiramente você precisa montar um contrato social, estipulando as cláusulas de constituição da empresa. É recomendado que ao mesmo tempo você faça a consulta de viabilidade com a prefeitura para verificar se a empresa é permitida no endereço.
Depois você preenche o DBE (Documento Básico de Entrada) através do REDESIM no site da Receita Federal, que será o documento para cadastro do CNPJ.
Então você faz o Cadastro Web no site da JUCESP, ao final do qual são liberadas as duas taxas para pagamento para liberação dos formulários para assinatura.
Por último, com o contrato registrado na JUCESP e com o CNPJ criado, você faz a documentação de cadastro na Inscrição Municipal.
OBS.: Esse é um roteiro básico, mas muitas vezes isso muda de acordo com a situação, pois alguns CNAEs exigem cadastros em conselhos regionais e/ou licenças especiais.