Welber,
Do ponto de vista operacional, creio que o mais viável seria ter uma filial, mas, vejamos que pelo fato do cálculo do simples ser gradativo pelo seu faturamento acumulado, naturalmente vc irá alcançar alíquotas maiores no momento que vc somar as duas receitas Matriz e Filial, sugiro que faça uma simulação dos últimos 12 meses de pagamento do simples incorporando a projeção de faturamento da filial, veja qual será o resultado do pagamento do simples global, ao mesmo tempo, compare com o cálculo se as empresas fossem distintas.
Se não for uma diferença relevante, acho que uma filial será melhor opção, acho que em todos os aspectos contábeis é melhor.
Terá faturamento centralizado no CNPJ Matriz e com certeza em várias situações, principalmente bancárias, suas oportunidades serão melhores pelo fato de ter melhora no seu faturamento.
Edson Amaral