Dificuldades em abrir e acompanhar empresas de outras cidade

Boa Tarde!!

Colegas, sou contador e comecei a atuar na área no inicio deste ano. Tenho atuado inicialmente como autônomo e fazendo alguns serviços e acompanhamentos dentro de minha própria cidade. Recebi uma proposta de abertura e acompanhamento de uma Micro empresa( ramo de restaurantes) que fica a 150km de minha cidade, minhas duvidas são as seguintes:
Posso dar entrada da abertura da empresa na junta do meu município?
Quais possíveis dificuldades posso encontrar na esfera de documentação municipal, já que estarei longe do local de funcionamento da empresa?
Quais demais dificuldades posso encontrar para o acompanhamento e envio das declarações da empresa?

Sei que é um tema um pouco vago, mas quem puder ajudar ou já passou por situação parecida e puder compartilhar sua experiência ficaria imensamente grato!!!

Atenciosamente,

Diego, hoje basicamente tudo é feito pela internet. você precisa somente que a empresa tenha um funcionário competente na administração, para você se relacionar. tipo enviar rescisão por arquivo etc... O resto tudo é por internet. não vejo nenhum problema no tocante a distancia..

eu tenho um cliente, que apesar de ser da minha cidade, tudo é feito pela internet. gero folha de pagamento, aviso e recibo de férias, etc..