Marcia, bom dia
Eu também elaboro primeiro o DBE, pois, se tiver algum impedimento não perco o vencimento do DARE-JUCESP.
Aqui funciona da seguinte forma: no Coleta Web você deverá indicar que seu estabelecimento possui NIRE e o processo ainda não foi registrado, feito isso deverá gerar o Via Rápido JUCESP e encaminhar DBE e VRE para Junta Comercial, que fará registro do cancelamento de empresário, baixa no CNPJ e baixa da inscrição estadual. O último procedimento será a baixa na Prefeitura.
Atenção: Recentemente os atos do município de São Paulo estão sendo feitos pelo VRE2. Ainda não tive um caso em que precisei utilizar esse sistema, somente o VRE antigo. No site tem as instruções.