Aldejane, bom dia
Vamos lá.
Apesar da IN DREI 35/17 prever a possibilidade de transformação de tipo jurídico em um único ato, a JUCESP, por exemplo, não preparou o sistema para isso, então, vou lhe orientar como proceder da forma mais segura. Para realizar essa operação que você está fazendo serão necessários dois processos.
Em São Paulo JUCESP-RFB-SEFAZ trabalham interligadas. E vou usar SP como exemplo.
O procedimento deve ser feito em duas etapas, inicialmente elabore a alteração contratual dando saída em todos os sócios e admitindo o que assumirá a titularidade da EIRELI com 100% do capital. Não esquecer de inserir a cláusula de 180 dias.
Feito isso elabore o Coleta WEB na Receita Federal, nesse momento você deverá selecionar que seu processo ainda não foi registrado no órgão competente, desta forma, quando o DBE for liberado, será destinado para análise da Junta Comercial.
Na sequencia você deverá entrar no VRE (JUCESP) e elaborar o processo também.
Apesar de poder ser feito no momento da constituição, aconselho você a fazer nesse primeiro passo do processo todas as alterações, aproveite inclusive para já fazer o ajuste do capital, se for o caso. Ou seja, adequar a integralização de 100x o salário mínimo vigente no país.
Após estar com toda documentação certa, encaminhe DBE, as vias da alteração contratual e documentos do VRE para JUCESP, que fará análise em todos os órgãos (RFB e SEFAZ inclusive).
Após liberado, você deverá sim informar a Prefeitura da alteração do QSA.
Com a primeira etapa registrada, a segunda parte consiste em fazer a Constituição de EIRELI por Transformação de Tipo Jurídico e o procedimento e os trâmites são os mesmos de antes, deve-se elaborar o Coleta WEB, direcionar para JUCESP o DBE, gerar o VRE e ter em mãos o ato constitutivo de EIRELI por transformação de tipo jurídico, que por sua vez, após deferido terá também de ser informado para Prefeitura.