Bom dia amigos Julio Nakano e Rodrigo de Castro Teixeira de Freitas!!
Não existe a possibilidade do Ofício de Transformação da Natureza Jurídica ser indeferido pela Receita Federal ou por qualquer outro Órgão.
Veja que existe uma Legislação vigente que permite este processo, que é o Código Civil de 2002 (alterado pela LC nº 128/2008). Outro detalhe é que somente se dá entrada no Ofício solicitando a Transformação da natureza jurídica da empresa na RFB após o seu registro na Junta Comercial. Se o processo foi registrado pelo órgão competente (Junta Comercial), a transformação já foi "deferida" e, a solicitação da transformação na RFB somente é feita de ofício porque o Cadastro Sincronizado (por enquanto) ainda não está praparado para este evento.
Vale lembrar que, o processo de transformação da natureza jurídica de uma empresa não traz nenhuma outra mudança a não ser a alteração de sua natureza jurídica e da respectiva razão social, com a inclusão ou exclusão de sócios, ou seja, o CNPJ, a IE (ou IM), endereço, contabilidade, livros fiscais, notas fiscais, etc., tudo continuará da mesma forma.
Agora, sobre a demora, isto vai depender de cada Órgão e, creio eu que, de nada adiantará ir no órgão ou dar entrada em outro processo (este último nem pode ser feito).
Na RFB de Paracatu MG, por exemplo, eu dei entrada em um dia e foi deferido rapidamente (coisa de 02 ou 03 dias no máximo).