Cara Mariana,
Não é necessário "tirar as cotas" da tesouraria. Como um bem, essas cotas integram o patrimônio da sociedade, o qual será restituído ao patrimônio do único sócio, como todos os demais bens e direitos antes pertencentes à sociedade, quando ela se "transformar" em empresário individual.
Assim, do mesmo modo que não é preciso redigir no contrato o destino dado a cada bem da sociedade, tampouco é necessário esclarecer uma destinação específica às cotas em tesouraria, pois que todo o patrimônio da sociedade se presume reintegrado ao patrimônio do único sócio remanescente.
Espero ter ajudado. Qualquer dúvida, volte a postar.
Grande abraço,
P.S.: se o capital social for equivalente a pelo menos 100 salários mínimos, considere a Eireli como uma melhor opção. : ]