Larissa,
Por definição legal, na incorporação há uma aborção de uma sociedade por outra e há extinção da incorporada. Logo, essa é uma operação firmada entre duas sociedades e a incorporadora faz aumento do seu capital como consequência da operação.
Veja o texto da lei 6.404 e norma há idêntica há no Código Civil:
Art. 227. A incorporação é a operação pela qual uma ou mais sociedades são absorvidas por outra, que lhes sucede em todos os direitos e obrigações.
§ 1º A assembléia-geral da companhia incorporadora, se aprovar o protocolo da operação, deverá autorizar o aumento de capital a ser subscrito e realizado pela incorporada mediante versão do seu patrimônio líquido, e nomear os peritos que o avaliarão
§ 3º Aprovados pela assembléia-geral da incorporadora o laudo de avaliação e a incorporação, extingue-se a incorporada, competindo à primeira promover o arquivamento e a publicação dos atos da incorporação.
A filial não possui capacidade jurídica, e, portanto, não pode fazer parte de processo de incorporação. O que dá para fazer, nesse caso, é a sociedade que tem filial fazer uma cisão e destinar a parcela patrimonial cindida para ser incorporada na sua cliente, que terá que aumentar o seu capital e atribuir ações ou quotas aos sócios da sociedade cindida que passam a integrar o quadro social da incorporadora. Essa operação é conhecida por "cisão seguida de incorporação" e está prevista no seguinte preceito da Lei 6.404:
§ 3º A cisão com versão de parcela de patrimônio em sociedade já existente obedecerá às disposições sobre incorporação (artigo 227).