Empresa de Mineração

Bom dia,

Preciso constituir uma sociedade, porem o local de extração é em uma fazenda do interior e o escritório é na capital. 
Neste caso, tenho de fazer abertura de uma sede com filial? Pois para a extração de minério é necessário ter todas as licenças e se o endereço estiver diferente no CNPJ não é possível. 

Alguém tem experiencia com esse tipo de empresa?

Sim, abertura da sede e de uma filial, uma constando a atividade que será exercida e a outra com destaque de capital para o cnae de apoio administrativo.