Sabrina,
A declaração de IR (Pessoa Fisica) é diferente da declaração do MEI (Pessoa Juridica)
O capital Inicial vc não precisa aumentar... o valor de R$ 1.000,00 é o valor que teoricamente vc tinha em mãos para investir na abertura do seu MEI (seja para comprar maquinas, materiais, produtos e etc)
O que você precisa fazer agora são duas declarações (ou apenas 1 que é a de PJ que é obrigatória)
A declaração do MEI vc faz através do portal do Micro empreendedor Individual e pode ser declarado até R$ 81.000,00 no ano (porém se vc abriu sua empresa dentro do ano de 2018 e vai fazer a declaração referente a 2018 seu faturamento será proporcional aos meses que vc está com a empresa aberta).
A declaração de pessoa fisica é atraves do Programinha liberado pela Receirta Federal IRPF 2019. Para MEI vc pode aproveitar uma parte do valor declarado na PJ como lucros de acordo com a lei (que virá como isento) na declaração de IRPF... e além disso pode colocar outra parte tributavel como rendimentos recebidos de pessoa jurídica informando seu CNPJ como o pagador.