Dúvida desenquadramento MEI Notificado pela SEFAZ

Boa noite,

Um cliente me procurou querendo regularizar o CNPJ dele e me deparei com a seguinte situação:

Ele possui um MEI desde 2016. Em 31/12/2017 foi automaticamente desenquadrado do MEI porque de alguma maneira eles descobriram que ele ultrapassou o limite de faturamento do MEI, acredito que pelo cartão de crédito. 

A partir de 2018 então, passou a ser ME, optante pelo simples nacional. Mas ele não tinha conhecimento de nada disso, e continuou operando a empresa até receber a notificação abaixo.

Em 11/09/2019 foi notificado pela SEFAZ  após confronto Cartão de Crédito x Declaração de Faturamento. 

Essa notificação compreendeu o período de Janeiro/2017 a Dezembro/2018.  Ele entrou em contato com outra contabilidade e fizeram a auto-denuncia e essa contabilidade parcelou para ele esses valores recebidos do cartão de crédito do período notificado pela SEFAZ. 

Agora ele me procurou para regularizar o CNPJ dele e possuo algumas dúvidas.

Como procederei com a apuração do Simples no período de 2018? Uma vez que terei que fazer toda a apuração desse ano dentro do PGDAS antes de fazer as apurações atuais? Lembrando que toda a receita que ele teve no período de 2018 ja foi parcelada por causa da notificação. 

Outra dúvida, após esse desenquadramento automático feita pela Receita, terei que fazer algum tipo de procedimento na Junta Comercial? Ele continua com a razão social do antigo MEI.

Obrigado.

Obs: A notificação da SEFAZ gerou impostos de ICMS(8,4%) + multas e juros. Nesta notificação foi apontado que esse cliente Recebeu X valor em cartão de crédito e não emitiu documento fiscal.