Eu consegui desta forma:
Boa tarde.
Seguem algumas orientações que devem ser seguidas, no caso de assinatura digital realizada com certificado digital :
O certificado deve ser de tipo E-CPF.
O protocolo deve ser gerado/alterado/assinado, no login de quem irá assinar, ou seja, o certificado e login de acesso usados devem ser da mesma pessoa/CPF.
O navegador que melhor funciona para o uso de assinatura por certificado, é o Mozilla Firefox, que deve ser executado como administrador.
Para isso, deve clicar no ícone do navegador com o botão direito do mouse e depois na opção "Executar como administrador".
Antes de gerar, alterar ou assinar seu protocolo, deverá baixar e habilitar a extensão para reconhecimento do seu certificado (mesmo que já tenha feito isso), deve acessar o site da Jucerja (com o login da pessoa que irá assinar) e seguir o caminho no mesmo : serviços > protocolo web > downloads.
Baixe o plugin da extensão, de acordo com o navegador que está sendo usado.
Feito a devida instalação e habilitação da extensão, poderá gerar, alterar ou assinar seu protocolo então.
Na etapa de assinatura do seu protocolo, ao selecionar o “Local de armazenamento/repositório” oriento que tente nas duas opções, sempre clicando no botão "atualizar" ao alternar a opção, para que o sistema atualize e mostre seu certificado.
Todos esses passos são importantes para que o certificado seja reconhecido, então todos devem ser realizados.