Reativação de NIRE com Sócios Falecidos

Prezados, boa tarde.
Uma empresa com 4 sócios (2 falecidos) teve seu NIRE cancelado pela Junta da Bahia por ficar mais de 10 anos sem nenhum registro. Tentamos entrar com processo para reativação de NIRE registrando uma declaração de composição societária ou Ata de Assembléia porém informaram que qualquer movimentação só seria permitida com arquivamento de inventário ou alvará judicial.
Porém no contrato social especifica que os sócios devem apurar os haveres nas datas dos respectivos óbitos e liquidar as cotas dos sócios falecidos e isso também é previsto pelo art. 1.028, caput, do Código Civil.
Gostaria de saber se a Junta de fato pode exigir arquivamento de alvará judicial, sendo possível liquidação somente após arquivamento do mesmo.
Alguém já passou por uma situação assim e conseguiu resolver de outra forma?