Filial que a Matriz sofreu Fusão

Olá,

Tenho um processo em mãos, mas estou na dúvida de como fazer.

Tem uma empresa do RJ que tem uma filial em Guarulhos/SP.

Essa Matriz sofreu uma fusão e agora tem outro CNPJ. E eles querem manter a filial aqui em São Paulo.

Minhas duvidas são:

1º  É possível fazer o processo de fusão com a filial também?

2º Caso não dê para fazer a fusão com a filial, eu posso baixar a filial do CNPJ anterior e abrir uma nova no mesmo lugar com o CNPJ da nova empresa?

Alguém consegue me ajudar nesse caso?

Não existe na Doutrina o procedimento em questão.

Note que o evento de fusão consiste em mesclar tudo o que tem na empresa A com a empresa B, onde serão extintas e resultará numa nova pj, veja o que diz o Código Civil.

(...) Art. 1.119. A fusão determina a extinção das sociedades que se unem, para formar sociedade nova, que a elas sucederá nos direitos e obrigações.
Art. 1.120. A fusão será decidida, na forma estabelecida para os respectivos tipos, pelas sociedades que pretendam unir-se.

Além disto a fusão abarca a pj como um todo.
Cabe esclarecer que a filial é uma extensão da matriz e não há que se falar em fusão apenas de uma parcela da pj.

Então é correto dizer que devo encerrar essa filial e abrir uma nova?

Vai depender do que entender que seja mais fácil, pois poderá baixar a filial onde todas as operações retornaram para a matriz e abrir nova pj ou ainda o evento de cisão, com o manejo de uma reorganização societária.