Abertura de filial com ato já registrado

Olá!
Em 2011 foi registado uma alteração com abertura de filiais no RCPJ. Em 2016 uma dessas filiais foi baixada e agora eu estou tentando fazer uma nova alteração para baixa da segunda filial, ficando apenas uma em funcionamento. O problema é que nenhuma dessas filiais possui CNPJ. Para solicitar a baixa eu vou inserir uma informação na cláusula de alteração que essa filial não possui inscrição no CNPJ. A minha dúvida é: como eu faço a regularização da filial que vai continuar em funcionamento, sendo que esse ato foi registrado em 2011?
Agradeço a todos! 

Rebeca, bom dia,

Para registrar o CNPJ de qualquer abertura, alteração ou encerramento de empresas que antigamente tinham o DBE entregue na receita de forma separada, basta pegar o ATO registrado e o DBE de abertura (informando no preenchimento que o mesmo já foi registrado na Junta Comercial ou Outro) e criar um dossiê eletrônico (processo eletrônico) de alteração via e-CAC, lembrar de utilizar o certificado e-CNPJ da empresa interessada (matriz) para iniciar o dossiê, normalmente respondem entre 3-5 dias uteis dependendo da sua jurisdição.