Bruna da Silva Lopes, bom dia.
Colega, em relação a essa situação em específico eu nunca tive.
Mas tive a seguinte situação: uma empresa individual, constituída em 2014, sempre foi optante pelo Simples Nacional. Ocorreu que em 2018 o empresário veio a falecer. Logo, seu CPF ficou na situação de falecido. Contudo, a empresa continuo sendo optante pelo SN até por volta deste final de ano, o qual os inventariantes decidiram dar baixa na empresa. Então procederam com as burocracias necessárias.
O ponto é, mesmo com o falecimento do empresário, não afetou em nada nenhuma questão da empresa, nem mesmo sua opção ao SN.
Tendo como base esta situação, creio que você também não terá problemas em realizar a opção de uma empresa já ativa, mesmo tendo em seu QSA um CPF de uma pessoa já falecida, no Simples Nacional.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."