Oi
Se você já tem registrada as alterações feitas no cartório/junta comercial e só precisa alterar na receita, você deve usar o e-processos do E-CAC. Entre no E-CAC com a empresa ou instituição em questão e siga:
vá em Legislação e Processo,
Processos Digitais (e-processo),
Abrir Dossiê de Atendimento,
Seleciona Cadastros em Área de Concentração de Serviço,
Seleciona CNPJ - Alteração,
Clicka em Abrir Dossiê de Atendimento,
Vai aparece uma mensagem perguntado se você quer ir para junta de documentos, você clicka em SIM,
Agora você precisa anexa os documentos para fazer a alteração e identificar eles. Você precisa colocar a DBE de alteração na receita, é só fazer uma DBE destinada para Receita com as alterações da ata. E junto colocar a ata de alteração, é bom tambem colocar o instrumento de constituição só para nao ter problema e enviar. Lembrando que depois que você anexa e os arquivos forem analisados você tem que fazer o envio, as vezes demora um pouco para analisar.
Se você nao tiver acesso ao E-CAC da empresa/instituição você pode fazer pelo seu certificado ou do contador e fazer uma procuração normal com firma reconhecida e anexa junto com a DBE, Ata e instrumento de constituição.