Bom dia Francine,
Após publicação da IN81/2020 as alterações/registros/baixas de filiais serão comunicados a Junta Comercial da Filial pela Junta Comercial da Matriz, ou seja, no seu caso, a JUCERJA quem comunicará a JUCESP sobre a baixa da Filial, não sendo necessário você protocolar o pedido na JUCESP, o que você terá de fazer é a próxima etapa que consiste em solicitar a baixa do CCM junto a prefeitura municipal.
Segue redação da IN81/2020:
Quando se tratar de filial em outra unidade da federação, o arquivamento do ato deve ser promovido exclusivamente na Junta Comercial da sede, uma vez que após o deferimento do ato, os dados relativos à sede e filial serão encaminhados eletronicamente para Junta Comercial da outra Unidade da Federação.
Contudo, antes de dar entrada da documentação na Junta Comercial da sede da empresa, nos casos de ABERTURA de primeira filial, ALTERAÇÃO, quando houver alteração de nome empresarial, para UF em que ainda não haja filial da empresa, é obrigatório que seja apresentada a viabilidade deferida em cada Unidade da Federação.
Notas:
I. Cabe à Junta Comercial de onde estiver localizada a respectiva filial apenas a recepção dos dados e o seu armazenamento.
II. A Junta Comercial onde estiver localizada a respectiva filial poderá arquivar como documento de interesse da empresa o ato arquivado na Junta Comercial da sede, contudo este não promoverá qualquer alteração no cadastro da filial, será utilizado apenas para emissão da certidão de inteiro teor, se for o caso.