Olá Danielle, não sei se já encontrou resposta. mas segue aqui uma orientação, para ajudar a buscar melhor esclarecimento:
Analisando somente a atividade, não há impedimento à opção pelo Simples Nacional, sendo o CNAE: 4921-3/02 - Transporte rodoviário coletivo de passageiros, com itinerário fixo, intermunicipal em região metropolitana.
Agora, a atividade de transporte rodoviário coletivo de passageiros, com itinerário fixo, intermunicipal, exceto em região metropolitana é impedida ao Simples Nacional. (Inciso VI do artigo 17 da Lei Complementar nº 123/2006), CNAE: 4922-1/01
Ou seja, somente transporte em região metropolitana pode ficar no simples nacional.
Este CNAE 4929-902 - Transporte rodoviário coletivo de passageiros, sob regime de fretamento no âmbito intermunicipal, fora da região metropolitana, interestadual e internacional. Deve fazer com que haja confusão, pois no simples este cnae é permitido de forma concomitante e a Artesp não deve entender claramente permitido, pois a concomitância deve estar relacionada ao fato de ser metropolitano ou não.
Fonte: Econet Editora e Site da Artesp.