Baixa filial outra UF

Boa tarde Srs !

Tenho um cliente  cuja Matriz está sediada no PR e que constitui uma filial em 2005 na cidade de S. B. do Campo/SP.
Em 2007 em razão da filial não ter entrado em operação, foi registrada uma alteração de contrato  na Junto Com. do PR extinguindo a mesma. Mas não foi dado sequência  com o registro da Junto de SP. Ficando a mesma em aberto inclusive na SRF.
Na época do ocorrido a empresa era LTDA e atualmente é uma EIRELI.
Como durante este tempo foi implantado o Empresa Fácil, não estou conseguindo registrar a baixa na JUCESP e por consequência não consigo baixar o CNPJ da filial em questão.

Alguém que já tenha passado por isso ou que saiba como desatar o problema poderia me ajudar ?? 

Boa noite !

Abre um processo no E-CAC, solicitando a baixa do CNPJ da filial, gera um DBE como se já estivesse registrado o contrato social, e envia para a receita federal, o contrato que foi registrado no paraná na época onde foi feita a extinção da filial e o DBE, que a receita federal faz a baixa do CNPJ, ai verifica se caso não baixar a inscrição estadual você solicita a baixa manual também através do site da secretaria da fazenda de SP.