Boa tarde
Com base nas informações prestadas posso pressupor que apesar de ter declarado um faturamento de apenas 60 mil reais, a Receita conseguiu verificar que houve um faturamento maior com base no cruzamento das informações da empresa, provavelmente pela movimentação do cartão de crédito. Ao ultrapassar o limite estabelecido torna-se obrigatório que a empresa faça o pedido de exclusão do MEI e que esta adote o regime do simples nacional. Se isto não foi feito pelo contribuinte, a receita pode sim efetuar seus desenquadramento de forma retroativa e exigir todas as declarações e impostos que não foram pagos com as devidas correções de juros e multas.
Em resumo, a obrigação de comunicação de exclusão é do contribuinte e não da Receita, se isso não foi feito pelo primeiro, ele então arcará com os custos dessa decisão, seja por falta de informação ou por agir de "má fé" e nao efetuar o desenquadramento.
"§ 7º O desenquadramento mediante comunicação do MEI à Secretaria da Receita Federal do Brasil - RFB dar-se-á:
I - por opção, que deverá ser efetuada no início do ano-calendário, na forma disciplinada pelo Comitê Gestor, produzindo efeitos a partir de 1º de janeiro do ano-calendário da comunicação;
II - obrigatoriamente, quando o MEI incorrer em alguma das situações previstas no § 4º deste artigo, devendo a comunicação ser efetuada até o último dia útil do mês subseqüente àquele em que ocorrida a situação de vedação, produzindo efeitos a partir do mês subseqüente ao da ocorrência da situação impeditiva;
III - obrigatoriamente, quando o MEI exceder, no ano-calendário, o limite de receita bruta previsto no § 1º deste artigo, devendo a comunicação ser efetuada até o último dia útil do mês subseqüente àquele em que ocorrido o excesso, produzindo efeitos:
a) a partir de 1º de janeiro do ano-calendário subseqüente ao da ocorrência do excesso, na hipótese de não ter ultrapassado o referido limite em mais de 20% (vinte por cento);
b) retroativamente a 1º de janeiro do ano-calendário da ocorrência do excesso, na hipótese de ter ultrapassado o referido limite em mais de 20% (vinte por cento);"