Sociedade Empresária Limitada - Regsitrada em Cartório em 1999

Bom dia!
Um cliente que está entrando agora em meu escritório me solicitou alteração contratual. É uma sociedade empresária limitada, de Cnae 96.09-2-99 - Outras atividades de serviços pessoais não especificadas anteriormente.  Até então entendi que era só pagar a taxa e protocolar a alteração contratual na Jucerja. Só que, ao analisar o contrato social, o mesmo foi registrado em cartório de PJ em 1999. Aí eu fiquei confusa sobre como proceder com essa alteração. 
Um segundo ponto é que de fato essa empresa já pretende em um segundo momento se constituir como associação e legalizar em cartório. Mas ao levantar os procedimentos vi que não dava pra alterar a natureza jurídica. Teria que baixar a empresa e abrir outra e legalizar em Cartório e tudo mais. Mas dessa forma, como ela inicialmente foi registrada em Cartório, será que já teria como fazer essa alteração?
Estou com todas essas dúvidas, empatada em movimentar a empresa na Junta ou adiantar o plano futuro deles de se transformarem em Associação. Desde já obrigada!

Olá Gersica, bom dia!! 

Vamos lá: 

 "foi registrado em cartório de PJ em 1999. Aí eu fiquei confusa sobre como proceder com essa alteração" 

- É melhor você seguir com a empresa no cartório mesmo, pegue os dados do cartório para qualificar no contrato de alteração e tente entrar em contato com eles para ter uma noção de valores, prazo, procedimentos, etc... Aqui em SP não é difícil fazer alterações no cartório, entrego a eles as vias do contrato rubricadas e assinadas junto com um requerimento (bem simples) para arquivamento. Depois do registro eu envio a atualização para a Receita Federal junto com o DBE, faço pelo por dossiê eltrônico no e-CAC.  

Pelo visto a ideia de se tornar assiciação é para o futuro, acho melhor e menos confuso deixar para fazer isso depois mesmo... Como você não tem muita experiência no cartório, vai ficar mais fácil e rápido para todos.