Olá.
Por morar no RS, tratamos de alterações na Jucergs, mas creio que será o bastante para se localizar no problema e, quem sabe, até resolver.
Nos procedimentos de uma alteração contratual, na DBE, geralmente assinamos com o certificado do escritório mesmo, só no momento de anexar os documentos e enviar para análise à Junta Comercial que precisamos ter alguns cuidados:
Se o titular que vai assinar, de fato, digitalmente, então precisa enviar o link para que ele acesse e efetue a assinatura; ou
Se o escritório vai assinar pelo titular da empresa, o que é mais comum, será necessário juntar uma procuração com poderes específicos, e o titular, aqui no RS, assinaria essa procuração com firma reconhecida por autenticidade em um tabelionato/cartório.
Daí, no segundo caso, deverá informar na FCN o evento de procuração (quando anexa ao processo), informar o representante legal ao titular, o escritório no caso, e anexar a procuração digitalizada em PDF/A.
Então deve conseguir proceder com a assinatura utilizando o certificado do escritório.
Espero ter ajudado.