DBE EMPRESA REGISTRADA EM CARTÓRIO

Olá, estou com problema em uma empresa que desde a sua constituição em 1998 é registrada em cartório, agora decidiram fazer a baixa dessa empresa, fiz o processo de baixa, registrei em cartório, tudo certo, fiz o DBE de baixa e abri o processo no e-cac para efetuar a baixa da empresa perante a Receita Federal, porém no cadastro da Receita Federal a empresa consta com a natureza jurídica 206-2 - sociedade empresária limitada e por esse motivo eles não deram a baixa da empresa alegando que devo fazer a correção da natureza desde a sua abertura, porém gostaria de verificar como fazer esse DBE, sendo que para alteração de natureza é necessário viabilidade e pelo site da Junta Comercial PR não é permitido, pois a empresa é registrada em cartório, eu já abri um processo na Receita explicando e solicitando como deve ser realizado o procedimento nesse caso e não me responderam, já conversei pelo chat, já liguei na Junta Comercial da minha cidade e também não sabem o procedimento, estou sem saber o que fazer, a empresa já está baixada perante o Cartório, já baixei alvará na Prefeitura, mas perante a Receita Federal tem esse impasse.