Baixa de Filial sem ata de criação ter sido registrada no cartório da cidade

Bom dia!
Trabalho numa sociedade civil,  sem fins lucrativos que tem algumas filiais pelo estado de São Paulo. Como as filiais são antigas, não houve registro das atas de criação das mesmas na cidade de cada uma, somente na cidade da mantenedora (matriz). Agora preciso dar baixa em 2 CNPJ das filiais são da cidade de São Paulo. A Receita Federal indefere o pedido de baixa porque a criação não consta na cidade de São Paulo. O Cartório de São Paulo não aceita fazer o registro da ata de criação porque elas já possuem CNPJ. Me lembro que a exigência de registrar as atas das filiais nas cidades onde elas tem sede é de um tempo pra cá.
Alguém saberia me dizer quando foi que passou a ter esta exigência.?
Como consigo legalizar esta baixa se o cartório não aceita fazer os registros das atas de criação e de baixa?
Me deem uma luz, por gentileza.
Aguardo. Obrigada.
Eloisa Rezende