Olá Ana, boa tarde.
Se no CNPJ do seu cliente tiver a informação "sociedade simples limitada" no campo da natureza jurídica, o registro com as adequações ao CC devem ser feitas diretamente no cartório.
Você também pode registrar na JUCESP mas seria mais burocrático, custoso e moroso para o seu cliente, pois você teria que fazer a constituição por transformação de natureza jurídica para que seja atribuído um NIRE para a empresa e ato contínuo registrar a baixa, o que não seria nada prático.
Para economizar tempo e dinheiro do seu cliente com o registro, sugiro entrar em contato com o carório onde a empresa está registrada e verificar a possibilidade de fazer em conjunto no mesmo ato, a adequação ao Código Civil cumulativo com o pedido de baixa, pois via de regra, os cartórios são menos engessados com os procedimentos.
Espero ter ajudado.
Abraço