Boa tarde Luciano,
Sim a empresa terá Inscrição Estadual, e precisa de alvará da vigilancia sanitaria.
Neste caso é considerado industrial por transforma em comida cozida ou não poderá ser comercial?
Não é considerada Industria e sim comercio veja:
Exclusões
Art. 5o Não se considera industrialização:
I - o preparo de produtos alimentares, não acondicionados em embalagem de apresentação:
a) na residência do preparador ou em restaurantes, bares, sorveterias, confeitarias, padarias, quitandas e semelhantes, desde que os produtos se destinem a venda direta a consumidor; ou
b) em cozinhas industriais, quando destinados a venda direta a pessoas jurídicas e a outras entidades, para consumo de seus funcionários, empregados ou dirigentes;
Consulte o
Decreto 7212/2010Espero que te ajude.