Caro Diogo.
Na realidade, quando foi efetuado o Distrato em Maio de 2019, deveriam ter gerado o DBE de baixa.
Como não o fizeram, há uma coisa que pode resolver: Se o distrato ocorreu anterior ao período solicitado no Relatório Situação Fiscal, basta fazer uma petição simples, descrevendo um breve relato da situação, exemplo : "A empresa tal, inscrita no CNPJ sob o nº x, endereço, vem neste ato justificar o não envio das obrigações acessórias (DCTF dos períodos de 2020 à 2022), considerando que, a empresa efetuou distrato em 00/05/2019, não tendo nesse caso, necessidade de efetuar tal entrega. Também, requerer seja o CNPJ considerado como BAIXADO, haja visto que não foi solicitado no período oportuno".
De posse desse documento + Relatório Situação Fiscal + Cópia do Distrato + Certidão CNPJ (todos em .PDF), acessar o ECAC e no ícone Legislação e Processo - Processos Digitais - Solicitar Serviços via Processo Digital, efetuar a entrega. Após, ir acompanhando pelo número do protocolo, o despacho da receita em relação ao solicitado. Acredito que isso deva resolver.