Natureza jurídica de sociedade limitada unipessoal simples

Boa tarde
Hoje fui cadastrar um pedido de viabilidade e como a sociedade limitada unipessoal simples ainda não tem natureza jurídica coloquei o código 224-4 (sociedade simples ltda) e foi derida. Porém com dúvidas, pois preciso cadastrar o CNPJ solicitei uma informação com a junta comercial e fui informada que a natureza jurídica da unipessoal é 206-2 (sociedade empresária ltda). Como é uma unipessoal simples e não empresária vai ser registrada no cartório civil de pessoas jurídicas. Então acredito que poderá surgir confusão no andamento da abertura dessa empresa, porque se tem natureza jurídica de empresária e vou registrar no cartório a  prefeitura poderá questionar quando for fazer o cadastramento municipal. No Cnpj vai constar como empresária e na verdadde ela será simples. Alguém já passou por essa situação para me esclarecer, por gentileza.
Obrigada pessoal

Olá boa noite sou de Pelotas RS 
Por aqui sempre uma Unipessoal eu solicito o ATO 2062- SOCIEDADE LIMITADA 
Depois solicito a Incrição Municipal pela prefeitura 
E solicito a inclusão da empresa no Simples Nacional www8.receita.fazenda.gov.br
Nunca deu problema .

Ola, acredito que nesse caso a melhor opção seria uma alteração de tipo juridico, para Sociedade Empresaria Ltda, para evitar conflito de informações entre os orgãos.
Espero ter ajudado.

Obrigada gurias pela resposta.