Transformação de Sociedade Civil em Sociedade Empresária (Empresa Inativa)

Bom dia, prezados colegas!

Por gentileza, vejam se conseguem me ajudar...

Tem uma empresa aqui que a sócia quer baixar o CNPJ para poder abrir o MEI, a empresa está inativa há anos e o antigo contador dela não fez a baixa. Já enviamos as declarações pendentes e já foram pagos os débitos na prefeitura e receita federal. Mas o Cartório exige agora que seja feito a transformação de sociedade civil para sociedade empresária, conforme código civil 2002 e depois registrado na junta comercial (SP), o problema é que a empresa não tem mais atividade há muito tempo, no endereço já existe outra empresa, não temos o número do IPTU para informar no VRE, o QSA também não consta na Receita, o CNAE na Receita está diferente do que deveria ser (consta como pensão e deveria ser creche/pré-escola). Como regularizar tudo isso para conseguir a baixa do CNPJ? Como proceder nesse caso? Se tentarmos o processo de viabilidade não vai indeferir?

Alguém já pegou algum caso parecido?

Grato,

Boa tarde, 

Entendo que o Cartório-PJ esteja correto em querer que a empresa adeque o Contrato conforme o Novo Código Civil/2002, agora querer que o registro vá para a JUCESP já não tem muito sentido, ainda mais pela atividade da sociedade e tbm pq está em processo de baixa. Tente conversar conversar com o Cartório-PJ, alias por curiosidade, qual dos 10 Cartórios-PJ?

Boa sorte.