Boa tarde caro Luke,
No caso do processo pelo VRE Digital, se selecionar a opção para assinatura pelo certificado do sócio, todos os sócios obrigatoriamente deverão assinar pelo certificado digital.
No caso de um ou mais sócios não ter o certificado digital, eu realizado as assinaturas físicas, ou encaminho o contrato ou distrato para assinatura eletrônica como assinador DocuSing, por exemplo (existem outros aceitos pela JUCESP), ou assino o documento pelo gov.br. Nesse caso todos devem assinar da mesma forma.
No VRE, em vez de eu selecionar que a assinatura será pelos "Sócios", eu coloco a assinatura pelo "Contador", preencho meus dados, anexo os documentos assinados pelo sócio e assino só com o certificado de contador, e transmito.
É a solução que faço tanto para os processos de abertura, alteração e encerramento no VRE Digital, quando os sócios não têm certificado digital.
Espero ter ajudados. Abraço.