Prezado, Bom Dia!
Não existe nenhuma restrição imposta para possuir os 2 em um CNPJ, mas tome cuidado pois muita gente utiliza dessa forma para fugir dos imposto pois vou te da 1 exemplo:
Quando você emitir uma nota de serviço sobre engenharia, por meio de contrato tambem informa o material que sera utilizado no serviço, fazendo com que o valor desse material tambem caia sobre a nota de serviço, então isso inutiliza a questão do comercio sobre o CNPJ, mas tem gente que utiliza os 2, emitindo a nota de serviço de engenharia com contrato sem informar os materiais devidos, e uma nota de venda informando os materiais vendidos para utilização daquela obra, tendo que realizar 2 contratos do serviço e do seguro de venda do material, assim diminuindo tambem o imposto/tributação sobre os mesmo pois a tributação de um e diferente do outro.
se for fazer da 1 forma não tem problema algum em ter um comercio com venda de material e ter serviço de engenharia, mas se for fazer como na 2 forma, aconselho tomar cuidado, tanto no contrato, da uma estudada na forma da nota a quais vão ser emitidas com ou sem material aplicado, pois pode trazer futuros problema para o senhor, tambem com o CREA, o Sefaz e entre outros órgãos.