Prezado Sr Nelson, boa tarde.
Aqui na minha cidade (Rio de Janeiro), o primeiro passo é pedir uma Consulta Prévia de Local, junto à Prefeitura.
De lá mesmo, no caso de escolas, sempre consta na CPL que, para a obtenção do Alvará, será necessário o parecer favorável da CRE ( Coordenadoria Regional de Educação - Município), nos casos de ensino fundamental, e da METRO (Secretaria de Educação - Estado), nos casos de ensino médio/ técnico.
Esses são os processos mais complicados, pois é necessário ter plano de ensino, pedagogo responsável e etc...
Outro detalhe à se observar é a estrutura da escola, pois a Vigilância Sanitária e o Bombeiro exigem alguma estrutura específica.
Fora isso, não há nada de tão diferente na legalização.