wilson
bom dia
não posso te afirmar com muito certeza, mas creio que voce deverá fazer primeiro a alteração na junta da sede(matriz) faça o registro com uma via a mais, esta alteração deverá ser feita no Programa da junta, se a empresa for Ltda, gravar o disquete para entrega-lo junto com uma copia original e mais duas copias autenticadas, certidões negativas, xerox indentidade e cpf dos socios, que serão averbados na junta da filial, gere o DBE, dê entrada na RF. voce terá que ter um despachante para dar entrada na documentação no municipio da filial. qualquer duvida mais vá diretamente na junta e faça uma pesquiza, que eles te informarão corretamente. qualquer coisa me retorne.
Espero te-lo ajudado
att.
valdir a. pinheiro