Boa noite Alexandre.
Realmente, cada Junta Comercial tem um procedimento diferente.
Para alterar/incluir ou excluir um código CNAE específico é necessário ter em mãos uma alteração. No seu caso é alteração de Empresário Individual.
Então faça o seguinte:
1° - Efetue a alteração de Empresario na JUCERJA. No site da Jucerja tem disponível um formulário de empresário para download. Segue o link Requerimento Empresario . Preencha-o com os dados do MEI e no campo do objeto social, informe somente os cnae´s que não impedem a o barramento da inscrição municipal. Protocole o mesmo na JUCERJA e aguarde o registro;
2° - De posse do requerimento registrado, tire uma cópia autenticada deste documento;
3° - Utilize o programa CNPJ 3.4 e faça o seguinte:
a) Clique em novo documento
b) Informe o número de cnpj a cidade e o estado (RJ)
c) Na campo Evento, selecione a opção Dados Cadastrais/Situações Especiais
d) Escolha o código 244 e informe a data do evento (aqui é a data de registro do requerimento na Jucerja);
e) Na campo Identificação: NATUREZA JURÍDICA - informar o código 213-5 Empresario (individual). Tipo de órgão = Junta Comercial . Informar o NIRE (que é o número do MEI registrado na Junta);
f) No campo Atividade Economica = informar o cnae principal e informar os mesmos cnae´s que estão no requerimento registrado na Junta;
g) No campo Objeto Social (copiar a mesma nomeclatura que esta no cnae;
h) No campo Representante/Preposto = informar o nome do MEI.
Pronto! A parte cadastral já foi feita. Agora, devemos enviar os dados para a Receita Federal.
Clique no ícone GRAVE PARA TRANSMISSÃO.
Certifique-se de tenha instalado o programa RECEITANET. Senão tiver baixe-o no seguinte link Programa Receitanet .
Após instalado o receitanet, volte para o programa CNPJ e clique em DOCUMENTO --> TRANSMITIR VIA INTERNET.
Depois que transmitiu o documento, você deve imprimir o protocolo para que acompanhe o andamento do seu pedido. Se não quiser imprimir, após algumas horas, vá em DOCUMENTO ---> Consultar Solicitação na página da RFB.
Se não houver divergência cadastral, a Receita Federal vai disponibilizar um documento chamado DBE (documento básico de entrada no cnpj). Você deverá imprimir este documento, pegar assinatura do MEI e reconhecer a firma.
E por fim, deverá enviar para Receita Federal (via sedex ou protocolo na própria Receita) juntamente com a cópia autenticada do requerimento de empresário.
Após protocolar esse documento na Receita, deve continuar acompanhando o andamento pela internet até a liberação do novo cartão de CNPJ.
ENTÃO VAMOS RESUMIR O PROCESSO:
1° - fazer a alteração de Empresário na Jucerja;
2° - tirar uma cópia autenticada do requerimento registrado;
3° - utilizar o programa CNPJ para informar os cnae´s que figurarão no cartão de cnpj;
4° - transmitir o documento para Receita Federal via RECEITANET;
5° - acompanhar o andamento do pedido via internet (pelo protocolo ou diretamente pelo programa CNPJ);
6° - imprimir o DBE, assinar, reconhecer firma, anexar o requerimento de empresário registrado e mandar para Receita Federal via sedex ou
pessoalmente (isso varia de cada RFB);
7° - continuar acompanhando o pedido via internet até a Receita Federal liberar o novo cartão.
Caso, não consiga fazer esses procedimentos, o ideal é procurar algum colega contador para ajudar neste processo.
Segundo informações no site da JUCERJA existe a possibilidade de solicitar o CNPJ na própria Junta. Talvez seja o caminho mais rápido, pra você conseguir o que se pretende.
Espero que estas informações lhe ajudem.
Boa sorte!