Danilo.
Conforme regra do artigo 9°, parágrafo 1°, inciso II da Lei Federal 123/2006, todas as empresas enquadradas como ME ou EPP estão dispensadas da exigência de apresentar prova de quitação, regularidade ou inexistência de débito referente a tributo ou contribuição de qualquer natureza (certidões negativas).
Então, conclui-se que você poderá baixar o MEI a qualquer momento sem impedimento algum.
Quanto ao tratamento do DAS que não foram recolhidos, eu desconheço o procedimento de cobrança pelos órgãos envolvidos.
Deixar o MEI inativado é possível, somente na questão de faturamento, pois ele é obrigado a informar mensalmente (em relatório próprio) o valor de suas vendas ou prestação de serviços. No seu caso seria ZERO.
Mas devemos levar em consideração que, pelo fato de já estar na condição de MEI o recolhimento do DAS se torna obrigatório independentemente de estar ativo ou inativo (se teve receita ou não), visto que o valor das parcelas são iguais.
Então, aconselho a CANCELAR o MEI e recolher a parcela até o mês da desta baixa.
Espero ter esclarecido suas dúvidas.